این مرکز از لحاظ ساختار قانونی، دارای یک هیأت امنا بوده که از بین اعضای آن یک هیأت مدیره سه نفره وجود دارد که این هیأت یک نفر را از بین خود به عنوان مدیرعامل تعیین می‌کند. هیأت امنا نیز از بین خود یک نفر را به‌عنوان رئیس هیأت امناء تعیین کرده که اکنون مسؤولیت ریاست هیأت امناء و مدیریت عامل به‌عهده کاظم موسوی بجنوردی می‌باشد.
ساختار علمی مرکز دائرةالمعارف بزرگ اسلامی عبارت است از سرویراستاری و سرپرستی علمی که به‌عهده کاظم موسوی بجنوردی است و شورای عالی علمی که اکنون سی و هشت نفرند و دپارتمانهای: فلسفه، کلام و فرق، علوم، جغرافیا، تاریخ، ادبیات فارسی و سایر ملل اسلامی غیرعرب، عرفان، ادبیات عرب، ایران‌شناسی (که منظور از آن مطالعات مربوط به ایران پیش از اسلام است)، زبان‌شناسی، مردم‌شناسی، هنر و معماری، مفاهیم جدید و عناوین ویژه، ادیان، فقه و اصول فقه و علوم قرآنی و حدیث، حقوق، عناوین خاص، گزینش عناوین، ویرایش و چاپ، تشکیل پرونده‌های علمی، مدیریت کتابخانه، مدیریت کتابخانۀ دیجیتال، مدیریت بخش رایانه و خدمات نوین. همچنین بخش ترجمه دائرةالمعارف بزرگ اسلامی به زبان عربی و بخش ترجمه دائرةالمعارف بزرگ اسلامی به زبان انگلیسی. شایسته ذکر است که عالی‌ترین مرجع تصمیم‌گیری قانونی، هیأت امناء بوده که برخودار از همۀ اختیارات می‌باشد که البته می‌تواند همه یا بخشی از اختیارات خود را به مدیرعامل واگذار نماید. عالی‌ترین مرجع تصمیم‌گیری در مسائل علمی نیز برعهدۀ شورای‌عالی‌علمی بوده که توسط سرویراستار و سرپرستی علمی مرکز مدیریت و اجرا می‌گردد.
اعضای شورای عالی علمی از مدیران دپارتمانها و مشاوران عالی تشکیل شده که ریاست آن برعهده سرویراستاری و سرپرستی علمی مرکز است.
گردش کار علمی بدین صورت است که بخش گزینش عناوین زیر نظر کمیسیون ویژۀ مدخل گزینی، عناوین را با نظرخواهی از مدیر هر گروه علمی تعیین کرده، سپس مدخلهای آماده شده برحسب رشته بین دپارتمانها تقسیم می‌شود و پس از تألیف هر مقاله، توسط بخش مربوط، نخست منابع مقاله کنترل شده و پس از ویرایش در بخش مربوط جهت ویرایش نهائی به بخش ویرایش و چاپ ارسال می‌گردد که بعد از تأیید سرویراستار آماده چاپ می‌شود.
پروژه‌های علمی دردست انجام عبارت است از:
1. تألیف دائرةالمعارف بزرگ اسلامی به سه زبان فارسی، عربی و انگلیسی. از نسخه فارسی 14 جلد و از نسخه عربی شش جلد تاکنون منتشر شده است. اکنون دو سال است که ترجمه انگلیسی این دائرةالمعارف با همکاری علمی مؤسسۀ مطالعات اسماعیلی لندن به سرویراستاری آقای دکتر مادلونگ استاد بازنشستۀ آکسفورد و خاورشناس معروف شروع شده که انتظار می‌رود در بهار سال 1386 جلد اول آن منتشر شود. مدخلهای دائرةالمعارف بزرگ اسلامی مربوط به رشته‌های مختلف حوزه فرهنگی و تمدنی ملل مسلمان جهان بوده که در نهایت در 35 جلد خاتمه خواهد یافت. اما ترجمه انگلیسی این اثر در 20 جلد برنامه‌ریزی شده است.
2. تألیف دانشنامۀ ایران در 30 جلد به زبان فارسی. این اثر یک دائرةالمعارف عمومی و جهانی بوده که مدخلهای آن شامل همۀ حوزه‌های فرهنگی و تمدنی و همه رشته‌ها بوده که مقاله‌های مربوط به مدخلهای ایرانی و جهان اسلام، تألیفی بوده و بقیه از دائرةالمعارفهای معتبر ترجمه خواهد شد. اخیراً نخستین مجلد این اثر چاپ شده و برنامه‌ریزی شده است که مجلدات بعدی بدون انقطاع زمانی زیاد (سالی دو جلد) منتشر گردد.
3. فهرستواره کتابهای فارسی: اینطرح زیر نظر استاد احمد منزوی عبارت از فهرست موضوعی کتابهای فارسی سراسر جهان از آغاز تا ابتدای عصر جدید چاپ است. بدین معنی‌که همۀ کتابهای فارسی جهان که تقریباً تا یک قرن پیش، چه به‌صورت خطی و چه به صورت چاپی، وجود داشته است با درج اطلاعاتی فشرده و مهم، معرفی می‌شوند. این اثر در 16 جلد خواهد بود که نُه جلد آن تاکنون منتشر شده است.
4. تاریخ جامع ایران: این اثر که در 14 جلد خواهد بود و تاکنون بیش از 186 استاد در تألیف آن مشارکت داشته‌اند،تا یک‌سال‌ونیم دیگر همۀ مجلدات آن یکجا منتشر خواهدشد. این اثر عبارت است از تاریخ سیاسی،فرهنگی و اجتماعی ایران از آغاز مهاجرت‌آریائیان به سرزمین ایران تا عصر حاضر که پنج جلد آن مربوط به ایران باستان پیش از اسلام و بقیه مجلدات آن مربوط به دورۀ اسلامی ایران است.
5. جغرافیای جامع ایران: این اثر در پنج جلد خواهد بود که تا یک سال دیگر یکجا آمادۀ انتشار می‌گردد. در تألیف این اثر تاکنون 65 استاد مشارکت داشته‌اند.

کتابخانه
مرکز دائرةالمعارف دارای کتابخانۀ تخصصی در زمینۀ اسلام‌شناسی و ایران‌شناسی بوده که تعداد مجلدات آن نزدیک به پانصد هزار جلد است و برحسب نیازهای پژوهشی روزانه در حال تکمیل و توسعه می‌باشد. در ضمن مرکز دائرةالمعارف دارای یک کتابخانه دیجیتالی است که فعلاً محتوای ذخیرۀ شدۀ آن حدود هفتاد هزار عنوان کتاب و مجله به صورت تمام متن می‌باشد. کتابخانه کاغذی مرکز همچون هر کتابخانه دیگر دارای بخشها و سازمان ویژه خود می‌باشد. تعداد کارکنان مرکز حدود دویست و چهل نفر است.